CRAN Package Check Results for Package statgenGWAS

Last updated on 2020-04-02 03:48:28 CEST.

Flavor Version Tinstall Tcheck Ttotal Status Flags
r-devel-linux-x86_64-debian-clang 1.0.4 103.61 234.90 338.51 OK
r-devel-linux-x86_64-debian-gcc 1.0.4 71.51 173.79 245.30 OK
r-devel-linux-x86_64-fedora-clang 1.0.4 431.39 NOTE
r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc 1.0.4 375.79 OK
r-devel-windows-ix86+x86_64 1.0.4 182.00 215.00 397.00 NOTE
r-devel-windows-ix86+x86_64-gcc8 1.0.4 196.00 225.00 421.00 NOTE
r-patched-linux-x86_64 1.0.4 88.20 215.75 303.95 OK
r-patched-solaris-x86 1.0.4 459.60 OK
r-release-linux-x86_64 1.0.4 85.69 207.56 293.25 OK
r-release-windows-ix86+x86_64 1.0.4 185.00 222.00 407.00 NOTE
r-release-osx-x86_64 1.0.4 NOTE
r-oldrel-windows-ix86+x86_64 1.0.4 252.00 271.00 523.00 ERROR
r-oldrel-osx-x86_64 1.0.4 ERROR

Check Details

Version: 1.0.4
Check: installed package size
Result: NOTE
     installed size is 9.1Mb
     sub-directories of 1Mb or more:
     data 3.1Mb
     libs 5.1Mb
Flavors: r-devel-linux-x86_64-fedora-clang, r-devel-windows-ix86+x86_64, r-devel-windows-ix86+x86_64-gcc8, r-release-windows-ix86+x86_64, r-release-osx-x86_64, r-oldrel-windows-ix86+x86_64, r-oldrel-osx-x86_64

Version: 1.0.4
Check: running tests for arch ‘i386’
Result: ERROR
     Running 'tinytest.R' [14s]
    Running the tests in 'tests/tinytest.R' failed.
    Complete output:
     >
     > if ( requireNamespace("tinytest", quietly=TRUE) ){
     + tinytest::test_package("statgenGWAS")
     + }
    
     Running test_GWAS.R................... 0 tests
     Running test_GWAS.R................... 0 tests
     Running test_GWAS.R................... 0 tests
     Running test_GWAS.R................... 0 tests
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     Running test_utils.R.................. 38 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 38 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 39 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 40 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 40 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 41 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 42 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 43 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 43 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 44 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 45 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 45 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 46 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 47 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 48 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Error: ----- FAILED[data]: test_codeMarkers.R<26--27>
     call| expect_equivalent(codeMarkers(gData = gData, impute = FALSE)$markers,
     call| matrix(c(0, NA, 0, 0, NA, 1, 1, 2, 0), nrow = 3))
     diff| 'is.NA' value mismatch: 2 in current 2 in target
     ----- FAILED[data]: test_codeMarkers.R<70--72>
     call| expect_equivalent(codeMarkers(gData = gData, removeDuplicates = FALSE,
     call| impute = TRUE, imputeType = "random")$markers, matrix(c(0,
     call| 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 0), nrow = 3))
     diff| Mean absolute difference: 1
     ----- FAILED[data]: test_codeMarkers.R<112--114>
     call| expect_equivalent(codeMarkers(gData = gData, MAF = 0.2, keep = "SNP1",
     call| impute = FALSE)$markers, matrix(c(0, NA, 0, 0, NA, 1, 1,
     call| 2, 0), nrow = 3))
     diff| 'is.NA' value mismatch: 2 in current 2 in target
     ----- FAILED[data]: test_codeMarkers.R<134--136>
     call| expect_equivalent(codeMarkers(gData = gData, refAll = "A", impute = FALSE)$markers,
     call| matrix(c(2, NA, 2, 2, NA, 1, 1, 2, 0), nrow = 3))
     d
     In addition: Warning messages:
     1: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     2: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     3: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     4: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     5: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     6: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     7: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     8: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     9: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     Execution halted
Flavor: r-oldrel-windows-ix86+x86_64

Version: 1.0.4
Check: running tests for arch ‘x64’
Result: ERROR
     Running 'tinytest.R' [16s]
    Running the tests in 'tests/tinytest.R' failed.
    Complete output:
     >
     > if ( requireNamespace("tinytest", quietly=TRUE) ){
     + tinytest::test_package("statgenGWAS")
     + }
    
     Running test_GWAS.R................... 0 tests
     Running test_GWAS.R................... 0 tests
     Running test_GWAS.R................... 0 tests
     Running test_GWAS.R................... 0 tests
     Running test_GWAS.R................... 1 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_GWAS.R................... 2 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_GWAS.R................... 2 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_GWAS.R................... 3 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_GWAS.R................... 4 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_GWAS.R................... 5 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
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     Running test_GWAS.R................... 11 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
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     Running test_GWAS.R................... 13 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_GWAS.R................... 14 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_GWAS.R................... 15 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_GWAS.R................... 15 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_GWAS.R................... 16 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_GWAS.R................... 17 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
    
     Running test_STG.R.................... 0 tests
     Running test_STG.R.................... 0 tests
     Running test_STG.R.................... 0 tests
     Running test_STG.R.................... 0 tests
     Running test_STG.R.................... 0 tests
     Running test_STG.R.................... 0 tests
     Running test_STG.R.................... 0 tests
     Running test_STG.R.................... 0 tests
     Running test_STG.R.................... 1 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 2 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 3 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 4 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 5 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 6 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 7 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 8 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 9 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 10 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 11 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
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     Running test_STG.R.................... 22 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
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     Running test_STG.R.................... 28 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
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     Running test_STG.R.................... 35 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 36 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 37 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 38 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 39 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 40 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 41 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 42 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 43 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 44 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 45 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 46 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STG.R.................... 47 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
    
     Running test_STGHelper.R.............. 0 tests
     Running test_STGHelper.R.............. 0 tests
     Running test_STGHelper.R.............. 0 tests
     Running test_STGHelper.R.............. 1 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STGHelper.R.............. 2 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STGHelper.R.............. 3 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STGHelper.R.............. 3 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STGHelper.R.............. 4 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
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     Running test_STGHelper.R.............. 6 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_STGHelper.R.............. 7 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
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     Running test_STGHelper.R.............. 9 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
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     Running test_STGHelper.R.............. 18 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
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     Running test_STGoptions.R............. 0 tests
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     Running test_chkFuncs.R............... 0 tests
     Running test_chkFuncs.R............... 1 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
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     Running test_codeMarkers.R............ 0 tests
     Running test_codeMarkers.R............ 0 tests
     Running test_codeMarkers.R............ 0 tests
     Running test_codeMarkers.R............ 0 tests
     Running test_codeMarkers.R............ 0 tests
     Running test_codeMarkers.R............ 0 tests
     Running test_codeMarkers.R............ 0 tests
     Running test_codeMarkers.R............ 0 tests
     Running test_codeMarkers.R............ 0 tests
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     Running test_utils.R.................. 27 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 28 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 29 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 30 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 31 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 31 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 32 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 33 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 33 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 33 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 34 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 35 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
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     Running test_utils.R.................. 37 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
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     Running test_utils.R.................. 39 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
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     Running test_utils.R.................. 41 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 42 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
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     Running test_utils.R.................. 44 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 45 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 45 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 46 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 47 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Running test_utils.R.................. 48 tests <1b>[0;32mOK<1b>[0m
     Error: ----- FAILED[data]: test_codeMarkers.R<26--27>
     call| expect_equivalent(codeMarkers(gData = gData, impute = FALSE)$markers,
     call| matrix(c(0, NA, 0, 0, NA, 1, 1, 2, 0), nrow = 3))
     diff| 'is.NA' value mismatch: 2 in current 2 in target
     ----- FAILED[data]: test_codeMarkers.R<70--72>
     call| expect_equivalent(codeMarkers(gData = gData, removeDuplicates = FALSE,
     call| impute = TRUE, imputeType = "random")$markers, matrix(c(0,
     call| 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 0), nrow = 3))
     diff| Mean absolute difference: 1
     ----- FAILED[data]: test_codeMarkers.R<112--114>
     call| expect_equivalent(codeMarkers(gData = gData, MAF = 0.2, keep = "SNP1",
     call| impute = FALSE)$markers, matrix(c(0, NA, 0, 0, NA, 1, 1,
     call| 2, 0), nrow = 3))
     diff| 'is.NA' value mismatch: 2 in current 2 in target
     ----- FAILED[data]: test_codeMarkers.R<134--136>
     call| expect_equivalent(codeMarkers(gData = gData, refAll = "A", impute = FALSE)$markers,
     call| matrix(c(2, NA, 2, 2, NA, 1, 1, 2, 0), nrow = 3))
     d
     In addition: Warning messages:
     1: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     2: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     3: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     4: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     5: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     6: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     7: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     8: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     9: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     Execution halted
Flavor: r-oldrel-windows-ix86+x86_64

Version: 1.0.4
Check: tests
Result: ERROR
     Running ‘tinytest.R’ [23s/9s]
    Running the tests in ‘tests/tinytest.R’ failed.
    Last 13 lines of output:
     ----- FAILED[data]: test_codeMarkers.R<134--136>
     call| expect_equivalent(codeMarkers(gData = gData, refAll = "A", impute = FALSE)$markers,
     call| matrix(c(2, NA, 2, 2, NA, 1, 1, 2, 0), nrow = 3))
     d
     In addition: Warning messages:
     1: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     2: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     3: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     4: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     5: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     6: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     7: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     8: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     9: `expand_scale()` is deprecated; use `expansion()` instead.
     Execution halted
Flavor: r-oldrel-osx-x86_64